В конце событий Mortal Kombat: Deadly Alliance земные воины - Китана, Кунг Лао, Джакс, Джонни Кейдж и Соня отправились во дворец Шанг Цунга, чтобы победить колдунов и остановить их планы по оживлению мумифицированной армии Короля Дракона. Но на сей раз удача не была на стороне защитников земли - все они были убиты в схватке с отрядами таркатанов и Смертельным Альянсом. Понимая, что он теперь единственный, кто может что-то сделать, Рейден, ослушавшись желаний Старших Богов, в одиночку решил сразится с Шанг Цунгом и Куан Чи. Поначалу казалось, что бог Грома сможет победить колдунов, но объединённая мощь Шанг Цунга и Куан Чи оказалась сильнее, чем ярость бога Грома. Сразу после победы над Рейденом, Смертельный Альянс распался - Шанг цунг захотел отобрать амулет Шиннока, позволяющий контролировать армию Короля Дракона у Куан Чи. В недолгой схватке Куан Чи вышел победителем и казалось, что нет больше силы, которая может помешать колдуну править мирами. Но в этот момент в главный зал дворца вошёл не кто иной, как сам Король Дракон - Онага. Воскрешённый и жаждущий заполучить обратно свой трон Императора Внешнего Мира, Онага направился к Куан Чи с целью отобрать амулет и получить контроль над своей армией. Куан Чи сначала в одиночку потом вместе с Цунгом попытался остановить Короля Дракона, используя все свои способности, но все их усилия были напрасны. Даже когда к колдунам присоединился Рейден их объединённой мощи не хватило, чтобы остановить Онагу. Рейден понял, что у него не остаётся другого выбора, кроме как пожертвовать собой, чтобы спасти миры от могущественного монстра. Рейден осободил свою божественную сущность в огромном взрыве, который уничтожил армию Короля Дракона, дворец Шанг Цунга и самих двух колдунов. Но взрыв практически никак не повредил Онаге. Более того: Король Дракон заполучил, то зачем пришёл - амулет Шиннока.

Теперь Онага ищет способ использовать шесть орудий Старших Богов - Камидогу, чтобы соединить все миры в Единую Сущность, что приведёт к уничтожению всех миров. Те воины, которые не были убиты во время событий Mortal Kombat: Deadly Alliance теперь должны сразится за судьбы вселенных с Королём Драконом и его приспешниками.


В истории рассказанной в режиме Konquest, молодой человек по имени Судьзинко, обманом был принужден посвятить свою жизнь сбору Камидогу, которые, как уверил его "посланник Старших Богов" Дамаши, нужны Старшим Богам. Только в самом конце Конквеста, когда Судьзинко собрал все шесть Камидогу, Онага появляется в своём истинном обличье и пытается убить Судьзинко. Тот, убежав от Короля Дракона в Земное Царство, решил искупить свою вину и попытаться остановить Короля Дракона во что бы то ни стало. Для этого он решил собрать самых лучших воинов Земного Царства и Эдении и уничтожить Камидогу и Онагу